Modularização dos steps

Proposta de modularização dos steps do arquivo main.nf em arquivos diferentes como proposto na reunião de sexta-feira - 11/07/2025.

Como está

Atualmente, a execução dos steps está aninhada dentro do arquivo main.nf, que seleciona, via um parâmetro step, qual dever ser o caminho de execução.

Proposta de modificação

Como são funções completamente independentes, não há por que manter todas no mesmo arquivo. Essas três funções seriam, então, divididas em 3 workflows separados que executam cada um sua função específica.

Execução de todas as etapas

Com essa mudança, fazer a execução de todas as etapas, como proposto em #8, seria uma questão de criar um quarto workflow que simplesmente chama os outros 3.

Nova organização de diretórios

Com isso, também seria lógico reorganizar os diretórios para cada execução:

src/
|-pipeline.nf
|-basecall/
  |-basecall.nf
  |-BASECALLING.nf
|-quality_control/
...