otimização das configurações passadas para samtools e modkit

muitas das configurações atuais que são passadas para utilitários como o samtools e modkit não tiram proveito dos recursos alocados para excução do job de processamento. existem as seguintes recomendações de modificação iniciais:

• passar pro samtools e modkit o mesmo numero de threads que cpus alocadas para o job
  • no samtools (src/modules/calculate_coverage.nf e outros locais),o parâmetro global de thread é --nthreads
  • no modkit (src/modules/modkit.nf), o parâmetro é -t
• no modkit, user os valores padrão para o --chunk-size, --interval e --queue-size