otimização das configurações passadas para samtools e modkit
muitas das configurações atuais que são passadas para utilitários como o samtools
e modkit
não tiram proveito dos recursos alocados para excução do job de processamento. existem as seguintes recomendações de modificação iniciais:
- passar pro
samtools
emodkit
o mesmo numero de threads que cpus alocadas para o job- no
samtools
(src/modules/calculate_coverage.nf
e outros locais),o parâmetro global de thread é--nthreads
- no
modkit
(src/modules/modkit.nf
), o parâmetro é-t
- no
- no
modkit
, user os valores padrão para o--chunk-size
,--interval
e--queue-size